Действие игры разворачивается спустя 25 лет после событий Mortal Kombat (2011). Земное Царство наконец обрело мир, но ненадолго. Коварный колдун Куан Чи и падший бог Шиннок начинают ритуал по воскрешению Армии Нежити, угрожая поглотить все миры.
Наследники великих воинов – Кэсси Кейдж (дочь Джонни Кейджа и Сони Блейд), Джейкоби Бриггс (сын Джакса) и Такэда Такахаси (ученик Скорпиона) – объединяются, чтобы противостоять новой угрозе. Вместе с ветеранами турнира Смертельной Битвы они сражаются против Нежити Куан Чи, предательства бывших союзников и заговора Шиннока, стремящегося стать новым правителем Загробного Мира.
Кульминацией становится битва в Загробном Мире, где решается судьба всех реальностей. Героям предстоит не только остановить Шиннока, но и столкнуться с последствиями древних пророчеств, где кровные узы и преданность подвергаются жестоким испытаниям. Финал определит, кто достоин занять трон Загробного Мира и станет ли Земное Царство новой ареной для вечной войны.
