После поражения Шиннока от рук Кэсси Кейдж в Mortal Kombat X, Тёмный Рейден планирует защищать Земное Царство, уничтожая всех возможных врагов. Но таинственная женщина по имени Кроника, также известная как «Хранительница времени», пытается навести порядок во Вселенной любыми силами, в том числе и избавившись от Рейдена за вмешательство в события прошлого, как это показано в Mortal Kombat 2011, которые нарушили баланс между добром и злом.
Прошло два года после окончания событий последней части. Падший бог, правитель Нижнего Мира Шиннок потерпел поражение от рук Кэсси Кейдж и стал пленником бога грома Рейдена. Очищая источник энергии Земного Царства, Рейден впитал в себя много демонической порчи и изменился. Он отказался от своих пацифистских взглядов на жизнь и продолжает исполнять свой долг Защитника Земного Царства агрессивным путём.
Пролог. Храм Джинсей. Тёмный Рейден уже в очередной раз пытает пленного Шиннока молниями. В перерыве между пытками, падший бог сообщает Рейдену, что доволен изменениями и замечает, что тот носит его амулет. На что Тёмный Рейден отвечает, что сыт по горло наглостью врагов Земли и решает сделать из падшего бога устрашающее предостережение для них. Шиннок саркастически замечает, что его невозможно убить, так как он является Старшим Богом, пусть и падшим. На что Тёмный Рейден отвечает, что «есть участь пострашнее смерти» и отсекает Шинноку голову. Лишённая тела голова падшего бога переживает клиническую смерть и приходит в себя на каменном столе. Рейден сообщает голове, что собирается преподнести её новым правителям Преисподней — Лю Кану и Китане в качестве предупреждения. И исчезает из храма. Сразу после ухода Рейдена, голову Шиннока навещает неизвестная женщина, способная манипулировать временем. Она сообщает Шинноку, что не желала для него такой судьбы. Несмотря на отсутствие голоса, Шиннок узнал неизвестную и очень потрясён этим.
Также в сюжете МК11 появилась возможность выбирать две разные развилки сюжета, связанные с главными персонажами определённой главы.
